三年前太空飛船獵戶號墜毀學園都市，魔法目錄由此引發瞭嚴重的禁書劇場慘劇，而該事件也促成宇宙電梯恩底彌翁（Endymion）的版恩建設。在恩底彌翁接近完工的底彌前夕，上條當麻（阿部敦 配音）和茵蒂克絲（井口裕香 配音）揭示瞭熱愛歌唱的奇跡少女鳴護亞麗莎。心懷夢想的魔法目錄亞麗莎經過不斷的修業和努力，終於得到瞭試鏡的禁書劇場機會，並有可能在恩底彌翁落成的版恩慶祝活動中演唱。這一晚，底彌當麻、奇跡茵蒂克絲和亞麗莎在夜歸途中遭到史提爾率領的魔法目錄魔法師們的攻擊。而學園都市秩序維持部隊的禁書劇場介入，無疑標志著魔法側和科學側全面戰爭即將爆發。版恩亞麗莎的底彌體內究竟隱藏著怎樣的力量和秘密…… 本片根據鐮池和馬（創作）、灰村清孝（插畫）的奇跡輕小說改編。
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