漆黑的名偵夜晚，一名間諜悄然潛入日本警方某機構，探柯盜走瞭記載著各國諜報機構重要數據的南純絕密文件的絕密數據。日本警方和FBI探員赤井秀一（池田秀一 配音）旋即與間諜展開追逐。惡夢最後，名偵逃亡者的探柯車輛墜落懸崖。第二天，南純柯南（高山南 配音）和夥伴們來到東都水族館觀光，惡夢結果發現一名受傷的名偵美麗女子（天海佑希 配音）。該女子處於失憶狀態，探柯身上的南純手機也破損無法使用。柯南等人答應要幫她恢復記憶，惡夢當他們七嘴八舌之際，名偵藏在暗處的探柯黑衣組織成員貝爾摩德（小山茉美 配音）冷冷地註視著這一切。在相處過程中，南純女子非凡的身手和奇怪的言行舉止讓灰原哀（林原惠美 配音）對其真實身份產生懷疑。 剛剛還一派祥和的水族館，沉浸在快樂之中的人們，根本會想到隨著那名神秘女子技藝的恢復，自己馬上就要被卷入黑暗組織的殺戮和混亂之中……
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